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每月初，创腾科技生命科学模拟技术部都会通过微信公众号定期总结  用户在软件使用过程中产生的一些具有代表性的问题。基于我们的工程师团队在分子模拟领域内十多年的经验，定期为大家带来实实在在的技术干货分享。

1. 如何从pdb数据库中选择蛋白晶体结构？

答：选择晶体结构的时候可以从以下几个方面加以考虑挑选：

a. 可以参考已发表的同体系模拟的文献中所选的晶体结构，文献年限可以是新一点的；

b. resolution值低的比较好；

c. 最好选带配体分子的复合物晶体结构，配体分子和对接的分子如果能比较类似则最为理想；

d. 结构是否完整，是否有缺失残基，缺失残基多还是少，最好选比较完整的结构。

2. 分子对接时如何定义活性位点？

答：分子对接确定结合位点的方法有三种。第一种是已知蛋白晶体，但晶体中无活性位点小分子，并且无相关实验和文献记录该蛋白的活性位点信息，这时可以选from receptor cavities这种方法，使用程序搜索蛋白的空腔进而对活性位点进行定义，但是这种方法定义的活性位点需要后期实验的验证；第二种是已知蛋白晶体，虽然晶体中无活性位点小分子，但是有相关实验和文献记录该蛋白的活性位点信息，这时可以选择from pdb site records这种方法，以关键氨基酸定义活性位点；第三种是下载的蛋白晶体中有配体可以选from current selection (先选中晶体中的小分子，再点击from current selection)。

3. 对接结果出现0 pose的原因以及如何解决？

答：对接结果出现0 pose时可以参考以下解决方法：

a. 体系是否正确预处理；

b. 定义的binding sphere位置是否正确，半径大小是否合适：该值只要保证有足够的空间供配体进行对接即可；

c. 使用高温动力学产生多构象时的步数：即random conformation下的dynamics steps参数项，增大该参数，可以使配体产生更合理的多构象；

d. 配体对接入蛋白活性位点之后的orientation参数：即maximum bad orientations和orientation vdw energy threshold两个参数，增大这两个参数（均改为999999），可以获得更多的对接pose。这两个参数的具体含义：orientation vdw energy threshold表示ligand在活性空腔内进行取向调整时范德华能的阈值，如果范德华能超过该值，那么这种orientation就不予以保留；maximum bad orientations表示在调整ligand取向时程序允许考察的取向的最大数目。

4. cdocker对接中，-cdocker_energy值为负值，而-cdocker_interaction_energy值为正值，应如何分析对接结果？

答：-cdocker_energy和-cdocker_interaction_energy理论上计算值应该都是正值，但是计算结果显示-cdocker_energy是负值，可能是因为分子内能过高，建议使用“minimize ligands”模块对小分子结构进行优化，释放一部分分子内能，然后再进行对接计算，以提高-cdocker_energy值。同时也可以观察蛋白结合口袋是否能容纳小分子配体，或采用protocols里的flexible docking加大蛋白对接时的柔性，用以找到合理的蛋白-小分子相互作用模式。另外cdocker_energy包含了配体分子内能和其与受体的相互作用能，cdocker_interaction_energy只包含相互作用能。如果不需要考虑分子间内能的因素，可以直接将-cdocker_interaction_energy做参考数据。

5. 分子对接中的alkyl、pi-alkyl、carbon hydrogen bond、pi-sulfur属于哪种类型的非键作用？

答：在discovery studio的help中可参考：help > help topics调取 >  > non-bond interactions，有详细的描述可以参考，并且不同类型非键作用，所显示出的颜色也是不同的（如部分相互作用颜色的显示）。

6. 对接后如何把配体和蛋白一起导出作为一个复合物结构，然后进行动力学计算？

答：选中配体，按住鼠标左键，拖到pdb id上面后，放开左键，即可形成复合物。如先选中ibuprofen conformation 拖到1eqg上面。